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月夜野ドリンク開発部の藤崎亜季（芳根京子）は、真面目でお人好しな新米社員。ある日、社運をかけたプロジェクトとして開発が進められている新ドリンクのボトル、通称「キラキラボトル」のデザインが、ライバル企業のハッピースマイルビバレッジに盗まれるというが事態が発生。

ハッピースマイルでボトル開発を担当したのが亜季の大学の同級生だったため、同窓会で情報を漏らした可能性がある、と亜季に情報流出の疑いがかけられる。開発部の高梨部長（常盤貴子）に問い詰められ、即座に否定するものの亜季は開発部の業務から外されてしまう。

トラブルを調査するために、親会社である上毛高分子化学工業の知的財産部から、「弁理士」の北脇雅美（重岡大毅）がやってくる。

弁理士とは“理系の弁護士”といわれる、知的財産権のプロフェッショナル。助けを求める亜季だったが、北脇は近寄りがたい厳しい人物で…。
果たして亜季は疑いを晴らしキラキラボトルを取り戻すことができるのか……！

亜季（芳根京子）は新設された“知的財産部＝知財部”に異動することになる。親会社から出向となった“弁理士＝知財のプロ”・北脇（重岡大毅）と、熊井部長（野間口徹）とともに知財部が始動。

開発部へ戻りたい亜季だったが、特許に詳しい弁理士の又坂（ともさかりえ）らの力を借りて、初歩の初歩から知財についての勉強をスタートする。
そんな中、営業部の松尾（高橋努）が、月夜野ドリンクの主力商品『緑のお茶屋さん』と名前もパッケージもソックリなチョコレート『緑のオチアイさん』を持ってきた。商品が似ているか似ていないかを決める“商標の類否”の判断は、非常に難しい案件。

まずは、『緑のオチアイさん』の販売元である落合製菓に、亜季が話を聞きに行くことになった。
落合製菓は、地域の活性化のために様々な活動を行っている小さな製菓会社だ。お客さんを喜ばせたい一心で菓子作りを続けてきた社長の落合（でんでん）の人柄に触れた亜季は、＜悪気のないパロディ＞だから許してあげられないかと考える。

しかし、月夜野の増田社長（赤井英和）は「看板商品をパクるな」と裁判を指示。
時を同じくして、亜季の親友、ゆみ（福地桃子）のオリジナルブランド『ふてぶてリリイ』が、他の会社に商標登録されているという警告が届く。
『緑のお茶屋さん』の生みの親である開発部の高梨部長（常盤貴子）やゆみの立場に立って、改めて『緑のオチアイさん』の問題について考えることになった亜季。お人好しで情に流されやすい亜季と、ビジネスに感情を持ち込まない姿勢を徹底する北脇。正反対の二人は、『緑のオチアイさん』の問題にどんな決着をつけるのか？

月夜野ドリンクの一大プロジェクト『ムーンナイトプロジェクト』の目玉商品『カメレオンティー』。開発部の高梨部長（常盤貴子）のもと、全貌が明かされないまま開発が進められてきたその紅茶が、知財部にお披露目される。時間を置くと色と味が変わるという特別な技術を特許出願すべく、動き出す知財部。

自分も何か役に立ちたいという亜季（芳根京子）に北脇（重岡大毅）が命じたのは、新技術が他社の特許を侵害していないか調べる＜侵害予防調査＞だった。
そんな中、亜季が慕う先輩のさやか（朝倉あき）が担当する、カフェチェーンとの共同開発商品の試作品が完成する。高梨のある思惑により、「カメレオンティー」の開発から外れることになったさやかが、起死回生をかけた新商品のスムージー。亜季も完成を喜ぶが、最終段階で取り入れた製法が他社の特許権を侵害していることが判明！

北脇は目前に控えたカフェチェーンへの最終プレゼンは中止するべきだと主張。高梨は、スムージーの開発を見合わせ、亜季の同期の窪地（豊田裕大）の企画を先方に提出すると決定してしまう。

一度は落ち込んださやかだったが、特許を侵害しない製法をプレゼンまでに見つけ出そうと決意。
亜季も『カメレオンティー』の侵害予防調査と並行して、さやかを手伝おうとするが２つの仕事の両立は、簡単なことではなく…。知財部の仕事の厳しさに直面しながらも、大切な仲間の努力の結晶を守りたいと願う亜季。その試行錯誤の果てに掴み取るものとは…？

北脇（重岡大毅）が親会社から送り込まれたスパイだという噂が流れる中、高梨（常盤貴子）率いる＜ムーンナイトプロジェクト運営チーム＞が発足。亜季（芳根京子）と北脇も運営チームに参加することになった。

プロジェクトのイメージキャラクターに選ばれたのは、縄文土器に描かれた模様からうまれた、通称「ツキヨン」。縄文土器マニアのインフルエンサー・ドキドキ土器子（北香那）によってひそかなブームを起こしていた。亜季は「ツキヨン」の商標出願を担当することになる。

一方、何者かに「必ずこのプロジェクトを終わらせる」と電話で話していた北脇。スパイ疑惑が高まる中、北脇は親会社に行くと言って姿を消し、連絡がつかなくなる。又坂（ともさかりえ）の指導の元、順調に「ツキヨン」の商標出願の準備を進める亜季。亜季は「ツキヨン」を世に広めた土器子にも、商標出願について事前に話しておきたいと思い、五木（渡辺大知）と一緒に土器子のもとへ向かうことに。

土器子と意気投合し、商標出願についても応援してもらった亜季。しかし、親会社の知財部から、「ツキヨン」を新商品のシリーズ名として使用するため、月夜野が商標出願するのは中止するよう命じられ…。
「ツキヨン」の商標出願は、本当に諦めるしかないのか？亜季と「ツキヨン」の運命は？そして、音信不通になった北脇の本当の目的とは…？

『ムーンナイトプロジェクト』の目玉商品『カメレオンティー』のポスターが完成した。亜季（芳根京子）はポスターの出来栄えに感動するが、使用されている写真は個人のブログからの無断転載で…。このままでは著作権の侵害にあたってしまう！　北脇（重岡大毅）の指示で、写真の権利者への利用の許可申請を担当することになった亜季。関係各所との“調整”が知財部の仕事の肝だと言われた亜季は、不安ながらも張り切る。

同時進行で、開発部の同期・窪地（豊田裕大）が特許を出願中の案件も引き継ぐことになった亜季。特許が認められるために何が足りないのか、特許庁の審査官に直接アドバイスを求めることを北脇から助言された亜季は、窪地と共に審査官面接に挑む。担当の仁美（小野ゆり子）は窪地とは旧知の仲で、窪地の兄に協力を求めるよう助言する。

窪地の兄・政宗（板橋駿谷）は、薬科大学の准教授。窪地が出願している特許に関して学術的裏付けをもらうには、最も適した人材だ。しかし、窪地は政宗と関係がうまくいっておらず、しかも政宗は仁美と結婚寸前で破局していて…。

複雑な人間関係の“調整”と、なかなか進まない写真の使用申請に四苦八苦する亜季。北脇は亜季を助けようとするが、又坂（ともさかりえ）から過保護だと言われて悶々とする。一方、高梨（常盤貴子）から認められていないと感じていた窪地に、ライバル会社・ハッピースマイルの田所（田辺誠一）が接近していて…！

亜季（芳根京子）と北脇（重岡大毅）が見守る中、『カメレオンティー』の試飲会に、五木（渡辺大知）の大学の後輩の若菜（桜井日奈子）たちがやってきた。彼らは人気商品『ジュワっとフルーツ』の炭酸バージョン『ジュワっとフルーツ・スパークリング』を、開発部と共同開発中。通称『ジュワフルスパークリング』の試作品を飲んだ亜季は、その独特の口当たりに感動する。

若菜は、学会でこれまでの研究成果を発表するつもりだというが…。 学会で技術を発表してしまうと、特許の取得に必要な「新規性」が失われてしまう。亜季と北脇は、特許の出願まで学会発表を待ってほしいと若菜を説得するが、学会発表の要旨の提出期限は２週間後。共同開発に参加していた狩野（若林時英）は、北脇に正論で諭され、エキサイトしてしまう。

思わず「ビジネスに正義なんてない！」と、北脇のように強引に議論を終わらせてしまった亜季は、自己嫌悪。２週間で『ジュワフルスパークリング』の特許を出願する方法がないか模索する。しかしそんな中、大学側から共同開発の打ち切りが申し入れられ…。

「発明」とは、一体誰のものなのか。開発に携わった人が、全員幸せになれる方法はないのか、思い悩む亜季。時を同じくして、亜季はゆみ（福地桃子）と北脇が、北脇は亜季と五木が恋をしていると思い込み…!?　亜季はそれぞれの思惑が複雑に絡み合った問題を、解きほぐすことができるのか？

今宮食品という会社から、ある特許を２千万円で買わないかというオファーが届いた。あまりの金額に亜季（芳根京子）は驚くが、開発部長の高梨（常盤貴子）はその技術が月夜野の「ぐるっとヨーグル」という商品に使われていると指摘。月夜野が特許権を侵害していることになるのではないかと、社内は騒然となる。

しかし北脇（重岡大毅）は、その技術は「特許性」がない＝特許を認められる要件を満たしていないので、特許を買う必要はないと判断。亜季は胸をなでおろすが、弁理士の又坂（ともさかりえ）は何かが引っかかる様子で…。

そんな中、販売店に「月夜野が特許を侵害している」という悪質なビラが配られ、会社に抗議の声が殺到した。今宮食品の仕業だという確証がないため、亜季と又坂が今宮食品の青汁の試飲会に潜入して、相手の様子を探ることになる。試飲会で２人が出会ったのは、今宮食品の社長・今宮（岩谷健司）とアドバイザーの芹沢（鶴見辰吾）。今宮と芹沢は「特許を取得した技術を使っている」と商品をアピールするが、特許が使われているのは青汁そのものではなく…。

今宮食品が特許を利用して、違法スレスレの商売をしていることを見抜く又坂と亜季。高梨は月夜野のイメージを守るために、今宮食品に和解金を払って騒動を早く収束させるべきだと主張するが、又坂は反発する。 なぜ又坂は、そこまで今宮食品にこだわるのか。

その理由を聞いた亜季は、問題の突破口を探そうと奔走！開発者の汗と涙の結晶を守るための特許を食い物にする今宮食品と、亜季と又坂、北脇の決戦の火蓋が切られた!

今宮食品との通称「009特許」を巡る争いが決着し、安心したのも束の間。今宮食品から「009特許」を買い取った「総合発明企画」から、特許権侵害の訴訟に関する連絡が届き、代表の芹沢（鶴見辰吾）が月夜野に乗り込んできた。大事な『カメレオンティー』の発売を前に、穏便な問題解決を願う月夜野サイドに、芹沢は１億円の和解金の支払いを要求する。

和解金の支払いの猶予は１週間。そんな中、開発部長の高梨（常盤貴子）が、かつて、特許を食い物にする“パテントトロール”の「太陽新社」に所属していたことを知った亜季（芳根京子）は、衝撃を隠せない。芹沢が提示した１億円には、特許権侵害の賠償金だけでなく、高梨の過去に関する口止め料が含まれていたのだ。

月夜野と高梨を守るためには、和解金を支払うか、「009特許」に特許性がないと証明するしかない。亜季と北脇（重岡大毅）は特許の無効化のために必要な論文を手に入れようとするが、そう簡単に見つからない。一方、芹沢は、高梨に急接近し…！
高梨への不信と不安に月夜野が包まれる中、又坂（ともさかりえ）の先輩・中野（板尾創路）の研究を奪った過去を認めた高梨。

そして彼女が、ハッピースマイルの知財部員と会っていたことも明らかになり…！
高梨は本当に特許を利用して、人を騙すようなことをしていたのか！？問題解決のために奔走する亜季と北脇は、真実を掴み、芹沢との戦いを無事に終わらせることができるのか？

月夜野が社運をかけた目玉商品『カメレオンティー』の発売まで、あとわずか。亜季（芳根京子）が発売イベントの準備を見守る中、五木（渡辺大知）が出来上がったばかりの販促グッズを持ってきた。以前、人気イラストレーターのハナモ（山崎静代）に描いてもらった『月夜ウサギ』を、今回のイベントでも使用することになったのだ。しかし、勝手にイラストを使われたと思い込んだハナモが、SNSに怒りのコメントを書き込み…！

SNSが炎上状態になる中、ハナモとの契約書に目を通した北脇（重岡大毅）は、「完全なる勘違い」と一刀両断。それでもハナモの誤解を解き、世間を納得させなければ、『カメレオンティー』の発売にも影響が出る。北脇から「ピンチはチャンス」と背中を押された亜季がハナモとの話し合いを担当することになるが、怒り心頭のハナモが会社に押しかけてきた！

契約条件を前に頑なになっていくハナモを、誠心誠意説得する亜季。そんな中、『カメレオンティー』がハッピースマイルの特許を侵害しているという警告書が届き、北脇は窮地に立たされることに！

開発部長の高梨（常盤貴子）も納得の上で、『カメレオンティー』の肝となる技術を営業秘密として守るため、敢えて特許を取らないという戦略に出た北脇。しかし、ハッピースマイルが特許を取った以上、『カメレオンティー』は発売できない…。自らを責め落ち込む北脇に、かける言葉もない亜季。

このまま『カメレオンティー』は“お蔵入り”になってしまうのか？史上最大のピンチに陥った、亜季と北脇の運命は？

ハッピースマイルの特許公報に記されていた発明者＜篠山瑞生＞が、五木（渡辺大知）の恋人のさーちゃん＝ささやまみずき（秋元真夏）であることを知った亜季（芳根京子）。五木が『カメレオンティー』の開発情報を恋人の瑞生に渡した可能性を疑う。

証拠が見つかれば、ハッピースマイルの「冒認出願」が認められ、『カメレオンティー』を発売できる！亜季からそれを聞いた北脇（重岡大毅）は、ハッピースマイルとの侵害訴訟を担当すると名乗り出る。一方で、亜季は開発部部長の高梨（常盤貴子）からの助けも得て、熊井（野間口徹）と協力し、五木の情報漏えいの証拠を探すことになった。

しかし、ハッピースマイル知財部部長で弁理士の田所（田辺誠一）を相手に、北脇は裁判で苦戦。亜季も五木のメールや開発部のプリンターの使用履歴、監視カメラのデータを徹底的に調べるが、五木の不審な行動を掴むことはできず…。北脇は『カメレオンティー』の特許を出願しておくべきだったと悔やむが、亜季は彼を信じ、励まし続ける。そんな中、瑞生が証人として裁判に出廷することになった。北脇は瑞生から月夜野の開発情報を盗んだという証言を得ようとするが、事実に気づいた田所に邪魔をされてしまう。

次の口頭弁論までに情報漏えいの証拠を見つけられなければ、『カメレオンティー』を発売することはできなくなる。絶体絶命のピンチに立たされた亜季と北脇、そして月夜野の運命は…！